Viimeinen tilaus alkaa, kun Desty Novan nanoteknologia herättää Alitan ylös kelluvassa Tipharesin kaupungissa. Kaupungin mustat salaisuudet paljastetaan pahantahtoisesti, mutta se näyttää olevan pieni osa monimutkaista maailmaa. Alita menee avaruuteen vanhojen ja uusien yritysten kanssa oppimaan lisää unohdetusta menneisyydestään ja etsimään kadonneen kaverinsa Lou Collinsia. Alita joutuu planeettojen väliseen taisteluun kolonisoidun aurinkokunnan päävaltojen välillä. Matkalla hän muodostaa liittouman kolmen Alita-kopion kanssa, jotka ovat nyt alkaneet uskoa itseensä, epäitsekkään superhakkerin ja Novan kanssa itse, kun hän tulee kymmenen vuoden välein järjestettävään taistelukilpailuun Zenith of Things -turnaukseen (ZOTT). Mukaan lukien tapa, jolla maapallo ilmestyi katastrofaalisesta talvesta, joka pyyhkäisi suurimman osan yleisöstä koko kertomuksen pituudelta, on esitetty enemmän historiaa Battle Angel Alitan asettamisesta, jota ei ollut paljastettu aiemmassa merkkijonossa.
