16-vuotias Nanakusa viettää arkisen elämänsä "Stairway Islandilla", jossa hän huomasi olevansa "heitetty pois" yhdessä 2000 muun ihmisen kanssa. Kaikilta puuttui ajan muistoja juuri ennen heidän saapumistaan sinne. Saaren nimi on peräisin saaren läpi kulkevasta pitkästä portaikosta, joka ulottuu vuoren huipulle, jossa saaren hallitsevan noidan sanotaan asuvan. Ainoa tapa lähteä saarelta on löytää kadonnut. Silti Nanakusa ei halua lähteä tältä pysähtyneeltä saarelta. Hän nauttii elämästään siellä.
Siihen asti Manabe Yuu, hänen lapsuutensa ystävä ilmestyy hänen edessään ja kääntää uuden elämänsä ylösalaisin. Miksi Manabe Yuu, maailman optimistisin ihminen, heitettiin pois ja kuka on noita kaikkien näiden salaperäisten tapahtumien takana? Seuraa Nanakusaa ja Manabea, kun he paljastavat Stairway Islandin todellisen luonteen.
