Valtava poikkeavuus ravisi Japanin mantereen ja tuhosi suurimman osan Tokiosta, uppoutuneen kolme neljäsosaa kaupungista mereen.
Kymmenen vuoden kuluttua kertomus siirtyy Ganta Igarashille, näennäisesti keskimääräiselle oppilaalle, joka käy Naganon prefektuurin keskikoulussa. Pakolaisena, fantastisen järistyksen selviytyjänä, Ganta on elänyt säännöllistä elämää eikä hänellä ole muistoja katastrofista. Tämä kaikki muuttuu, kun outo mies, joka on päällystetty rubiinipanssareilla ja verellä, kelluu luokkatilan ikkunoista. Hullusti hymyilevä "Punainen mies" tappaa koko Gantan luokan, mutta pikemminkin kuin tappaa hänet, upottaa punertavan kristallin sirpaleen Gantan vartaloon. Muutaman päivän kuluttua verilöylystä Ganta tuomitaan kuolemaan Deadman Wonderlandissa, vankilassa, joka toimii myös teemapuistona ja joutuu syytettynä kengurun oikeussaliin.
Vankilaan saapuessaan Ganta varustetaan ainutlaatuisella pidätyksellä, joka seuraa tärkeitä indikaattoreita ja hänen paikkaa. Tappava toksiini ruiskutetaan jatkuvasti hänen verenkiertoonsa tartunnan kautta, mutta siitä huolimatta se voidaan neutraloida antamalla erityinen makea kaltainen lääkitys joka kolmas kerta, mikä tapahtuu usein vankilassa tapahtuvien erilaisten toimien avulla, ts. Suorittamalla väkijoukkoja , toimiminen taustavaiheessa, ostaminen väärennetyillä tekijöillä (tietyntyyppisiä rahaa Deadman Wonderlandin vankien keskuudessa) jne. Cast-pisteiden kokoamiseksi rikoksentekijän tulee suorittaa laitoksen tappavissa peleissä ja elää. Onneksi Gantalle salaperäinen Shiro-niminen nainen, joka näennäisesti ymmärtää Gantan ja jota muut vangit ymmärtävät samalla auttavat häntä.
Vaikka Ganta haluaa elää rikoksentekijänä kuolemanrangaistuksessa, hän tarkoittaa löytävänsä Punaisen miehen, jotta hänen nimensä voidaan tyhjentää. Outossa käänteessä Ganta alkaa hankkia kykyä hallita vertaan ja tehdä siitä ase ajatukselle. Gantalle tuntematon hänestä on tullut yksi vankilan "kuolleista". Eristetyllä joukolla vankeja on synnin haarat, jotka antavat heille mahdollisuuden hallita vertaan. Ganta on tarkoitettu osallistumaan julmiin gladiaattorikuolemakilpailuihin nimeltä Carnival Corpse, jonka nimettömät katsojat maksavat huomattavan määrän käteistä tarkkailtavaksi hänen taitonsa löytämisen jälkeen. Pitkässä elossa taistelussaan hän onnistuu ystävystymään muutamien kanssa, jotka hän taisteli stadionilla, ja heidän avustaan Ganta jatkaa etsimäänsä löytääkseen 'Punaisen miehen' tunnistamisen, miksi hänestä tuli oikea kuollut, samoin kuin varjoisat salaisuudet, joita rangaistuslaitoksen viranomaiset salata
