Teini-ikäisen taikurilla Kaito Kuroballa on salainen henkilöllisyys: Kaitou KID: n, kuuluisan kansainvälisesti tunnetun ja etsittyjen "fantomivarkaan" identiteetti. Kaito otti henkilöllisyyden huomattuaan yhden päivän huomatessaan, että hänen edesmennyt isänsä oli alkuperäinen Kaitou KID. Myöhemmin hän huomaa, että hänen isänsä, joka kuoli taikatemppun aikana tapahtuneessa onnettomuudessa, murhattiin, koska hän ei varastanut jalokiviä Pandoraa pahasta järjestöstä. Kuten Kaitou KID, Kaito yrittää löytää Pandoran ennen kuin isänsä tappanut järjestö tekee ja tuhoaa sen, johtaen tarkastaja Nakamorin ja hänen työryhmänsä mielikuvituksellisimpiin jalokiveihin!
