AG 101: ssä (Advanced Generation -kalenterin 101. vuosi) salaperäinen yksikkö, joka tunnetaan vain nimellä "UE" tai "tuntematon vihollinen", hyökkää ja tuhoaa avaruusyhdyskunnan Angel. Tästä julmasta hyökkäyksestä tulee surullisen nimeltään "Päivä, jolloin enkeli kaatui", ja se merkitsee ihmiskunnan sodan alkua hengissä. Sarja alkaa AG 108: ssa, kun UE hyökkää avaruusyhdyskunta Ovaniin, jossa Flit Asuno asuu nyt, kun hän pakeni Angel-siirtokunnasta ennen sen tuhoa. Flitin äiti vähän ennen kuin UE tappaa hänet, hän antaa pojalleen objektin nimeltä “AGE Device”. Sieltä hän löytää suunnitelmat voimakkaasta menneestä aseesta - muinaisesta messiasta nimeltä Gundam.
Näistä suunnitelmista Flit viettää muutaman seuraavan vuoden insinöörityötä Maan federaation tukikohdassa Nora-avaruuskoloniassa ja suunnitella Gundam AGE-1: n. Seitsemän vuotta myöhemmin, AG 115: ssä, Flit viimeistelee Gundam AGE-1 Normalin, aivan kuten UE hyökkää Noraan, ja käyttää sitä auttaakseen federaation Diva-taistelulaivan miehistöä evakuoimaan siirtokunnan kansalaiset ennen kuin se tuhotaan. Flit on päättänyt tuoda taistelun UE: lle kodin tuhoamisesta kahdesti, ja Flit suostuu palvelemaan Divan mobiilipukujoukossa, joka ohjaa Gundamia. Saatuaan riittävästi tietoa ja sotilaallista voimaa toimintatavan luomiseksi Divan miehistö ja heidän liittolaisensa käynnistävät onnistuneen hyökkäyksen, joka tuhosi UE: n salaisen linnoituksen Ambatin asteroidissa. Siellä he oppivat, että UE ovat tosiasiallisesti epäonnistuneen ihmisoperaation jälkeläisiä, jotka lähetettiin kolonisoimaan Mars, jonka Maan federaatio jätti kuolleeksi ja jotka muodostivat oman kansansa punaisella planeetalla nimeltä Veigan.
