Perustuen suosittuun otome-peliin, Hakuouki seuraa Chizurua ja Shinsengumia vaihtoehtoisessa todellisuudessa. Chizuru matkustaa Kiotoon etsimään kadonneen isänsä, mutta osallistuttuaan tapaukseen päätyi Shinsengumiin, jossa hän tapasi jäseniä, kuten kuuluisan Hijikata Toshizon ja Okita Soshin. Chizurun isä suoritti hallituksen tutkimusta Shinsengumin vahvistamiseksi ja kehitti ochimizun. Ochimizu on kaava, joka antaa demonille kuin voima- ja uudistusvaikutuksia, mutta otettuaan käyttäjä kokee äärimmäisen kivun ja muuttuu lopulta verta nälkäiseksi hirviöksi.
Yrittäessään puolustaa Chizurua, Hijikata ottaa ochimizun ja vaikka tilanne pelastui, hänellä on nyt sairaus. Okita pakotetaan myös ottamaan kaava, kun hänen tuberkuloosinsa estää häntä puolustamasta Chizurua ja itseään. Tuntuen vastuusta toiminnastaan, Chizurun on taisteltava avuttomuuden tunteestaan ja löydettävä rohkeutta tukea Shinsengumia.
