Yhteenveto
Vuonna 2065 Maa on sodan keskipisteessä Nova-nimisten ylimääräisten ulkomaalaisten kanssa. Asevoimat kehittävät ja kouluttavat Pandorasia, tyttäriä, jotka voivat käyttää erityistä geneettistä kudosta nimeltä Stigmata (Seikon) näyttääkseen yli-inhimillisiä taisteluasejärjestelmiä ja taitoja. Pandoroja tukevat Limiters-nimiset miespuoliset kumppanit, jotka käyttävät erityisiä "jäädytys" -valtuuksia rajoittamaan kilpailunsa vapautta.
Jokainen näistä rajoitimista on Kazuya Aoi, jonka myöhäinen sisar oli Pandora. Kazuya tapaa vahvan Pandoran, Satellizer el Bridgetin, lempinimeltään Koskematon kuningatar, hänen kovasta tyylistään ja äärimmäisestä afefobiastaan käydessään Länsi-genetiikan akatemiassa Japanissa. Huolimatta hänen koulukaverinsa varoituksista välttää Satellizer, Kazuya on ystävystynyt hänen kanssaan ja pyytää häntä Limiteriksi. Satelliittilupa suostuu olemaan tekemisissä hänen kanssaan, vaikka hän joutuu pian Rana Linchen -nimiseen kilpailuun rakkaussuhteessa, joka uskoo, että Kazuya on hänen sielunkumppaninsa, kun hän on tukenut häntä useissa taisteluissa vaihtelevia asemia ja kursseja käyvien yliopiston vastustajia vastaan. Kun Novat hyökkäävät heidän korkeakouluunsa hyödyntämällä valvonnassaan olevia Pandoroja pääsemään laitoksen maanalaiseen laboratorioon, heidän kilpailunsa lakkaa.
Satellizer ja Kazuya yhdistävät muutaman West Genetics -opiskelijan laboratorioon Alaskassa, jossa he voivat auttaa yhdessä Evolution Pandora (E Pandora) -tehtävän kanssa, jolloin normaalit naiset voivat saada Stigmata-elinsiirrot Pandoraksi. Kun yksi E Pandoran joukosta menee raivokkaaksi, muut kysyvät, eivätkö kokeilussa käytettävät lääkkeet ole vaarallisia, mutta pakotetaan noudattamaan liike-elämän organisaation ja johtajan toiveita. E-Pandora Amelia Evans huomaa, että kunnes ne ovat olleet käyttökelpoisia ja että niitä on käytettävä hyväksi, hän johtaa kapinaa, joka kasvaa kokonaisuudessaan Nova Clashiin.
Kazuya oppii lisää perheensä yhteyksistä Novaan ja Pandoraan. Kazuyan isoisä Gengo Aoi löysi saman työpaikan, joka asettaa Ranan ja Satellizerin ainutlaatuiseen joukkueeseen Valkyries-nimisten naisten kanssa. Kuitenkin koko esittelytoiminnan aikana, jossa käytetään räätälöityä Novaa, joka on nukke, Pandorat kokevat harhaluuloja, ja nukke Novista tulee sadan Novan legio, joka määrittelee genetiikan. Gengo torjuu tämän vapauttamalla legendaariset Pandorat, jotka ovat Kazuyan tädit. Chevalierin pyrkimys murhata Gengo työllistää useita vankeja nimeltä Busters, kun muutama legendaarinen Pandoras muuttuu tappavaksi Novaksi, mutta tehtävä hajoaa.