Ensimmäisenä lukiopäivänä Haruhi Suzumiya antoi ilmoituksen, joka hämmästytti kaikkia: ”Minulla ei ole mitään kiinnostusta tavallisiin ihmisiin. Jos joku täällä on ulkomaalainen, aikamatkailija, liukusäädin tai esperi, tule, tule tapaamaan minua! Siinä kaikki." Kyon, täysin normaali ihminen, jolla sattuu epäonnea istua pöydän ääressä Haruhin edessä, mietti aluksi, jos hän vitsaili. Mutta Haruhi Suzumiya on aina vakava. Aina. Joka tapauksessa Kyon ei todellakaan ole koskaan aikonut osallistua kiusauksiinsa. Mutta kun rento keskustelu antaa Haruhille vahingossa ajatuksen perustaa klubi, joka on omistettu salaperäisten ilmiöiden löytämiselle ja tutkimiselle, Kyon huomaa olevansa jo ohi, varsinkin kun Haruhi saa hänet ensimmäiseksi rekrytoijaksi. Muita klubin jäseniä ovat Nagato Yuki, hiljainen, kirjaileva tyttö; Mikuru Asahina, aivan ihana tyttö, jonka Haruhi valitsi klubin ”maskotiksi”; ja Koizumi Itsuki, aina hymyilevä poika, jonka Haruhi on valinnut näyttämään ”salaperäisen opiskelijan”. Ja niin SOS-prikaati syntyy! Asiat muuttuvat Kyonille vain erikoisemmiksi ja vaikeammiksi, kun hän saa selville, että Haruhi on tietämättään ympäröinyt itsensä ihmisillä, joita hän on halunnut löytää koko ajan: Nagato Yuki on todella ulkomaalainen, Asahina Mikuru on aikamatkailija ja Koizumi Itsuki on esperi! Ja miksi kaikki nämä ihmiset ovat ilmestyneet ensiksi? Miksi, tietysti Haruhille! Kolme vuotta sitten Haruhi aiheutti jonkinlaisen häiriön, jonka kukin pitää tutkimuksen arvoisena. Ja Kyon, jostain syystä, näyttää olevan ainoa "normaali" koko ryhmässä. Hänen suurin kysymyksensä: miksi hän?
